L’Église de Scientology est une association religieuse avec une organisation et un management hiérarchisés. Au niveau le plus bas de la hiérarchie se trouvent les auditeurs à l’extérieur et les groupes de Dianetics qu’ils dirigent. Le niveau suivant comprend les missions de Scientology qui dispensent des services de base de Dianetics et de Scientology. Ce sont des sortes de bureaux missionnaires qui visent à obtenir de nouveaux membres. Quand une mission grandit et que son activité prend de l’expansion, elle devient habituellement une Église de Scientology. Les ministres de l’Église de Scientology dispensent aux membres de la congrégation des services conjugaux, familiaux et autres, et ils administrent des rites religieux de Scientology, comme des mariages et des funérailles. Ils célèbrent aussi le service du dimanche.
Les organisations de Saint Hill sont des églises centrales qui se spécialisent dans le plus haut niveau de formation des auditeurs. De telles églises centrales existent à Los Angeles, à Sydney, à East Grinstead en Angleterre et à Copenhague. Le siège spirituel international de la Scientology est l’organisation de service de Flag à Clearwater en Floride, qui offre les services religieux du plus haut niveau. L’organisation de service du bateau de Flag dispense la plus haute audition de toutes (OT VIII). Cette formation se fait sur le Freewinds, dans la mer des Caraïbes.
La fonction d’Église mère est tenue par l’Église de Scientology internationale à Los Angeles. Elle planifie des campagnes missionnaires au niveau mondial, compile les ouvrages de formation et traduit les ouvrages religieux de L. Ron Hubbard en de nombreuses langues.
