En 1988, le statut d’organisation religieuse de l’église de Scientology du Portugal a été reconnu. En 2001, le Portugal a passé une nouvelle loi sur la religion qui requérait que certaines religions, y compris la Scientology,
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« J’ai l’honneur d’informer Votre Excellence que nous avons mis en vigueur, sous le numéro 677/20070907, l’enregistrement et les annotations de l’église de Scientology du Portugal en tant qu’entité religieuse collective. »