À proprement parler, les mouvements dénommés sectes sont constitués de fidèles isolés, c’est-à-dire de groupes en rupture avec les Églises principales à cause de différences de doctrine, de pratique et d’organisation, mais dont ils partagent néanmoins une grande partie des traditions. Ce sont ces traditions communes et la réduction de leurs différences au cours du temps qui permettent à quelques anciennes sectes de se faire reconnaître comme confessions. Ces confessions font généralement preuve d’estime réciproque. Elles finissent par être reconnues comme telles lorsque les questions qui donnaient lieu à des tensions avec la société dans son ensemble (situation courante des mouvements désignés comme sectes) sont résolues ou dissipées. Ainsi, les baptistes, les disciples du Christ, l’Église du Nazaréen, et d’une certaine façon les méthodistes, sont tous des exemples de mouvements sectaires devenus des confessions. La reconnaissance graduelle du statut d’Église octroyée à des mouvements particuliers indique aussi un accroissement de la tolérance dans la société en général, alors que s’atténuaient, petit à petit, les restrictions légales imposées (en Europe) à ces mouvements ainsi que l’opprobre social auquel ils étaient soumis.
Toutes les sectes ne deviennent pas des confessions, et cela dépend beaucoup des circonstances dans lesquelles elles ont été créées et du sens caractéristique de leur enseignement par rapport au monde dans son ensemble. Les sectes qui, comme les Témoins de Jéhovah et les christadelphes, ont comme croyance principale l’avènement prochain du Christ sur Terre, ont de fortes chances de perpétuer des tensions sectaires dans la société, particulièrement si elles continuent un programme d’évangélisation actif. Il en est de même de sectes comme les Frères exclusifs (appelés aussi Frères de Plymouth) qui, malgré la croyance en un retour prochain du Christ sur Terre, s’attachent principalement à se retrancher dans leurs communautés à l’écart de la société qu’ils considèrent comme l’incarnation du mal. Les tensions entre ces sectes et les autorités et parfois le grand public ne reposent pas sur des actes illégaux, mais sur leur refus sectaire de participer aux responsabilités civiques communément admises par les citoyens. Il en va ainsi de l’objection de conscience face au service militaire ou, dans le cas de certaines sectes, le refus de siéger comme jury ou de devenir membre d’un syndicat dans certaines industries, dans des pays (Angleterre et Suède) où une telle appartenance est obligatoire. Le temps passant, ces droits à la conscience ont été graduellement accordés. Le droit, pour les Témoins de Jéhovah aux États-Unis, de ne pas saluer le drapeau ou de ne pas chanter l’hymne national dans les rencontres scolaires ou en d’autres occasions publiques, en sont des exemples. Les sectes chrétiennes ont combattu et souvent gagné leurs procès devant les cours de justice nationales et même internationales. Ce faisant, elles ont élargi le champ de la liberté religieuse. Mais ces sectes, ayant accédé au statut de reconnaissance religieuse ont été, particulièrement à leurs débuts, sujettes à la persécution, à la discrimination et au harcèlement.
