Lorsque, après la réforme, des formes divergentes de croyance chrétienne ont engendré des groupes de fidèles assidus qui devenaient de nouveaux mouvements religieux, elles ont presque toujours rencontré une intolérance extrême. Les huttérites, dont le mouvement est né dans le Tyrol, étaient régulièrement passés au fil de l’épée et forcés progressivement à fuir d’un endroit à un autre de l’Europe centrale. Les quakers en Angleterre ont subi un harcèlement continuel à la fin du XVIIe siècle, et nombre d’entre eux ont été emprisonnés pour leurs croyances. Les premiers méthodistes du XVIIIe siècle étaient souvent attaqués et certaines de leurs chapelles incendiées. Les représentants de la loi et les magistrats de la région étaient souvent impliqués dans de telles persécutions, en incitant des actions populaires, et estimaient que ces religieux fervents et respectueux de la loi étaient coupables plutôt que victimes. À la fin du XIXe siècle en Angleterre, les premiers adeptes de l’Armée du Salut subirent le même type d’hostilité. En seulement un an, plus de 600 de ses « soldats » ont été attaqués par des « brutes » qui, selon les salutistes, étaient soutenues par l’influente industrie de la bière. Par ailleurs, en quelques années, un nombre similaire de salutistes ont été emprisonnés sur des accusations douteuses et peut-être inventées d’obstruction de la voie publique. En Suisse dans les années 1890 ils ont été accusés de fraude et d’exploitation financière, des accusations similaires à celles qui ont été portées contre les missionnaires mormons en Scandinavie au début du siècle.
Au début du XXe siècle, l’opposition à de nouvelles religions a été exprimée sous diverses formes : la Science chrétienne a été amèrement dénoncée à la fois pour ses prétentions de guérison spirituelle et pour son refus de reconnaître la réalité de la chose, mais la condamnation était en grande partie littéraire, allant de la satire de Mark Twain aux attaques sérieuses de l’éminent historien, H.A.L. Fisher, parmi une véritable collection de commentaires hostiles provenant de membres du clergé et de médecins et, d’une manière plus légère, de pamphlets, de bandes dessinées et de romans satiriques. L’opposition aux Témoins de Jéhovah, toujours considérés comme un nouveau mouvement dans la première moitié du XXe siècle, s’exprimait souvent davantage en leur infligeant de mauvais traitements physiques. Ils ont subi les violences de la foule aux États-Unis durant la Seconde Guerre mondiale, et pour certains le supplice du goudron et des plumes. Ils ont été persécutés pour avoir refusé de saluer le drapeau et de chanter l’hymne national non seulement aux États-Unis, mais dans des pays très différents tels le Malawi. Leur objection de conscience au service militaire les a amenés à des poursuites judiciaires en France, en Espagne et en Grèce, même durant les dernières décennies. Au Québec, cette secte généralement respectueuse de la loi a été poursuivie sans relâche par les représentants de la loi durant les années quarante et cinquante pour une grande variété de prétendues violations de la loi. On pourrait rajouter de nombreux exemples du genre qui servent à illustrer l’intolérance religieuse continuelle et l’opposition récurrente à l’émergence de nouvelles organisations religieuses et à de nouvelles conceptions de la pratique religieuse.
Ce qui était commun à chaque fois, c’était que les sectes persécutées étaient toutes, à une époque, des mouvements religieux minoritaires relativement nouveaux. Parce que ceux-ci montraient leur désaccord avec une ou deux prescriptions d’une religion établie ou parce qu’ils choisissaient de soutenir leurs propres conceptions de la divinité, du salut et du culte ou bien parce qu’ils contestaient les normes de la société laïque de leur temps, ils sont devenus des objets de méfiance et ont été considérés comme des agents de perturbation sociale.
